Tòa án Nhân quyền châu Âu được lập ra như một thực thể thường xuyên với các thẩm phán làm việc toàn thời gian (full-time) từ ngày 01.11.1998, thay cho các cơ chế thực thi luật pháp hiện có lúc đó, trong đó bao gồm Ủy ban Nhân quyền châu Âu (thành lập năm 1954) và Tòa án Nhân quyền châu Âu (hoạt động theo phương thức cũ), vốn đã được lập ra trong năm 1959.

Cách bố trí mới của Tòa án này là kết quả của việc phê chuẩn Nghị định thư số 11, một điểm sửa đổi bổ sung cho Công ước đã được phê chuẩn trong tháng 11 năm 1998. Sau đó, các thẩm phán mới, làm việc toàn thời gian, được Hội đồng Nghị viện của Ủy hội châu Âu bầu chọn. Vị chủ tịch đầu tiên của Tòa án này là Luzius Wildhaber.

Vào lúc Nghị định thư số 11 bắt đầu có hiệu lực vào ngày 01.11.1998, lập ra Tòa án hoạt động toàn thời gian và mở cửa cho 800 triệu dân châu Âu trực tiếp lui tới, Toà án này đã đưa ra 837 phán quyết. Đến cuối năm 2005 Tòa đã đưa ra 5.968 phán quyết.

Mọi nước thành viên của Ủy hội châu Âu đều được yêu cầu ký kết và phê chuẩn Công ước châu Âu về Nhân quyền và được quyền có một thẩm phán được Hội đồng Nghị viện của Ủy hội châu Âu bầu chọn vào làm việc ở Tòa án. Mặc dù có sự phù hợp là mỗi nước thành viên có một thẩm phán đại diện, tuy nhiên, không có yêu cầu về quốc tịch cho các thẩm phán (ví dụ một thẩm phán Thụy Sĩ có thể được bầu ở công quốc Liechtenstein). Các thẩm phán được coi là những trọng tài không thiên vị hơn là đại diện của bất cứ nước nào. Thẩm phán được bầu với nhiệm kỳ 6 năm và có thể được bầu lại.

Tòa án Nhân quyền châu Âu được chia thành 5 "ban", mỗi ban bao gồm một lựa chọn cân bằng về địa lý và giới tính của thẩm phán. Toàn bộ thẩm phán bầu một Chủ tịch Tòa và 5 trưởng ban, hai trong số trưởng ban cũng làm Phó Chủ tịch Tòa án; tất cả đều có nhiệm kỳ 3 năm. Mỗi ban chọn ra một Phòng, gồm trưởng ban và 6 thẩm phán khác luân phiên thay đổi. Tòa án cũng có một Phòng lớn 17 thành viên, trong đó có Chủ tịch, các Phó chủ tịch và các trưởng ban, thêm vào một lựa chọn luân phiên các thẩm phán từ một trong hai nhóm cân bằng. Việc lựa chọn các thẩm phán dự khuyết giữa các nhóm diễn ra mỗi 9 tháng. Từ năm 2006 tới 2010, Nga là nước thành viên duy nhất từ chối phê chuẩn Nghị định thư số 14, nghị định thư này nhằm thúc đẩy công việc của tòa án tiến nhanh hơn, một phần bằng cách giảm số lượng thẩm phán theo đòi hỏi, khi phải đưa ra các quyết định quan trọng. Trong năm 2010, Nga đã chấm dứt việc chống đối Nghị định thư này, để đổi lấy đảm bảo rằng các thẩm phán của Nga sẽ được tham gia vào việc xem xét các khiếu tố đối với Nga.[1]